甘肃在清朝尚有强大的本教寺庙，但后来当地土司信仰格鲁派后转而领导当地的改宗，并且对于本教导寺庙进行了改宗和毁坏的行为，因此本教寺减少。目前本教寺庙又有了新的恢复。

一、 纳高寺 

　　迭部县阿夏乡，索南益西堪布主持，人数三十人左右。此传统来自四川若尔盖的本教安多三智者的阿克智美活佛之指导。

二、谢协寺 

　　迭部县电艿乡，目前由拉路寺活列活佛主持。寺庙以前出有许多成就者。包括在四川追求大成就者夏扎哇的亲传弟子。

三．萨让寺 

　　迭部县电艿乡，目前由拉路寺活列活佛主持。寺庙实践夏扎规定的大圆满三年闭关修行。

四．郭达寺 

　　卓尼县扎古录乡，原址甚大，据闻全盛期有千人。后来毁坏。现正在恢复中，有一定的僧人主持。

五．作海寺（点击进入）

    夏河县甘加乡，本教安多年青智者中的达瓦活佛主持，人数约三十多人。精修大圆满法、空行言教等。

六．恰日寺 

　　迭部县达拉乡，雍仲坚藏活佛主持，人数约四十人左右。有闭关修学。此传统来自四川若尔盖的本教安多三智者的阿克智美活佛之指导。

七．日盖寺 

　　迭部县电艿乡，目前由拉路寺活列活佛主持。

八．扎日寺 

　　阿克智美活佛之指导下恢复，雍仲坚藏活佛主持，人数约五十人。有大圆满闭关者居住。

九．尼千拉盖寺 

　　迭部县卡坝乡，留有遗址，目前为止尚未恢复。

十．桑周寺 

　　迭部县卡坝乡，阿克智美活佛指导主持，另有丹增坚藏等堪布协助，人数约几十人，修行大圆满阿赤十五阶段修法口诀等，一区分心与明智的分别。

十一 . 黑高寺、安子地日寺 

　　分别在迭部县卡坝乡，二寺现还在恢复中。

十二。迪义岗静修院 

　　迭部县尼傲乡，阿克智美活佛指导主持。原有夏扎亲传弟子阿尼喇嘛在此居住。

十三。高保寺 

　　迭部县腊子乡，恢复中。举行一定的宗教活动。

十四。交多静修院 

　　舟曲县八楞乡，恢复中。此寺过去的传统为本教与宁玛派双融的传统。

十五。泽卫静修院 

　　玛曲县尼玛乡，该寺庙本教和佛教兼融。

十六。拉路寺 

　　迭部县电艿乡，谢协寺、萨让寺合并在此寺范畴，活列南喀丹增活佛主持，活列南喀丹增活佛是夏扎亲传弟子才让吉美、容增堪布的亲传弟子，才让仁真堪布协助指导，寺庙人数几十人。寺庙每三年为一期进行大圆满闭关，每次十人，实践保存夏扎哇规定的大圆满三年闭关修行传统。