琼毛寺也称雍仲彭措郎(寺)，位于青海省贵德县河西镇南约十三公里外的瓦家村，属雍仲本教聚集的安多历史最久远的雍仲本教寺院。
该寺的创建者是索尊东巴益西坚赞。他诞生于卫藏约如之地，被称为东巴十八贤者之一的塔哲索南坚赞（藏历1268年）的杰出弟子。索尊于藏历第五绕迥水虎（1302年），出生在霍尔地方的索庄，即现在的西藏那曲索县格谢村一个显贵名旺的家族，从小起秉承了以不杀生等善业为伴的慈悲之心，自然养成了舍身为己的大慈大悲之胸怀，通过自身的勤奋与无瞋之心闻思所生定见，悟到人世间乃痛苦之源后，来到约如完萨卡一个叫祝的殊胜清静之地出家为僧，并拜塔哲索南坚赞为上师，聆听上师的教诲，有序地严持寺院的各种戒律，逐渐修成闻思定见的大智慧，成为众信徒敬重的上师和众僧智者仰慕的贤哲。此时，他的上师，即卫藏约如地方的塔哲索南坚赞，绒贡坚参俄色、巴东华丹桑布、辛杰智巴沃色四人被众人称为鲁主益西宁波的意之化身。
在至尊上师塔哲指明其佛缘在安多时，索尊携其兄长及众随从来到安多北方的阿嘎达沟，向积缘的众弟子灌顶传授佛法，给这里的本教属民和寺院圣地加被福力，使雍仲本教教业在此欣欣向荣，誉满该地。此时，应当车的嘎迦、索迦、尕迦等众信徒的邀请，为了弘扬雍仲本教，故索尊亲临贵德当车地区，向花丛中的蜜蜂一样聚集的众僧及信徒传授雍仲本教教义。尤其是黄河南岸像撑起的宝伞一样充满吉兆的当车沟，因当时驮着佛像等三所依的骡子卧地不起而出现各种瑞兆。
因此，索尊在50岁时，即铁兔（1351年）在此奠定了该寺的原始基础，修建了黑白分明的藏式三层阁楼经堂，内供佛像有藏药泥塑三世佛、八如来菩萨、黑红德拉布智护法神、智赞护法神像以及显密各种本尊壁画和各类佛像、佛经及佛塔，并讲修结合大力弘传三轮为主的佛法事业，由于索增在这里阐扬佛法的深厚功德而被后人誉为第二敦巴辛饶佛。
以讲修为一身的索尊贤哲是琼毛活佛世系的第一世活佛，又称安多北方雍仲本教教主，琼毛寺的全全主持和寺主，以普渡众生为己任的大智慧故又称雍仲本教菩萨大勇识。清代顺治皇帝还亲自赐封金字招牌，并赐予各种佛教造像、用于盖阁式经堂顶层的琉璃瓦等。
除外，琼毛寺还产生历代卡纳（黑城）活佛世系、巴色活佛世系、赛卡活佛世系等。在琼毛活佛世系第八世时，因时政动荡，为了使广大僧俗群众免遭灾难，投靠明王朝，以明王朝永乐为施主，故又称嘉纳（汉族）往生夺世法王，这一世系传承至今为第二十三代嘉纳往生夺舍法王多旦旺秀。期间涌现一批学通五明的智者，修行加持和证悟戒定慧三学的修行者，净修三律的僧人等助教弘法的众弟子。然而，由于1966年的时政大动荡，寺院内的众多造像和大量佛经遭到毁灭性地破坏。
党的宗教信仰自由政策实施后，1983年在上级部门的批准下，琼毛雍仲彭措寺又对众僧信徒开放了。在县统战部、宗教管理局的领导布署下设立了寺管会，对寺院旧址的重建和翻修起到了监督作用，特别是信徒群众大量的出资、出力的情况下，寺院的建设和佛教事业蒸蒸日上，当年便建成了三层阁楼式大经堂，内供三世佛、八如来菩萨、显密本尊间唐、一百多部本教大藏经等众多佛经和造像。
1989年在广大僧俗群众的祈愿和要求下，经上级部门批准，对琼毛寺二十三世活佛多旦旺秀进行了称之为大宝雄狮的坐床仪式。第二十三世琼毛多旦旺秀活佛于1966年出生于青海省共和县恰卜恰镇吉东村。1982年以优异的成绩毕业于海南州民族师范专科学校，并分配到基层担任小学教师。两年后辞职经商，先后走遍西藏、四川以及内地各省市，并将经商所得的利润全部用于寺院修缮、建塔塑佛、扶贫济困、资助教育等方面，从而赢得了广大僧俗群众的称赞。
琼毛寺历史悠久，曾有三层阁楼式经堂，但却在文革中毁于一旦。1983年寺院开放后，信教群众自筹资金重建一所小型经堂，但因该经堂修建时资金不足，加之质量问题，经堂四壁严重裂缝，地基明显下陷，时时危及僧人的安全。鉴此，琼毛活佛多方奔走，筹集135万元资金，于2000年建成了一座钢筋混凝土结构的气势宏伟的四层阁楼式大经堂，并在经堂各大殿内供奉了众多佛像、唐卡、间唐以及大量本教经典。为了满足广大信教群众求神拜佛的愿望，他先后出资57万元在琼毛寺以及共和县东嘎寺、同仁县、当车等地修建了21座大小佛塔和500多个转经轮。
近年来，他曾先后出资50万元，支持教育事业：在青海师范大学民族师范学院设立“琼毛奖学金”，每年为5位优秀学生发放奖学金；在青海民族学院为数名在教学科研中做出突出贡献的青年教师予以奖励；为青海师范大学民族师范学院图书馆捐赠佛教《大藏经》和本教《大藏经》；针对黄南州同仁县木沙尔村孩子上学难的问题，他出资数万元建立了一所村小学。同时，他还出资在《岗尖梅朵》、《达赛尔》等期刊上举办了有奖征文活动，以支持藏族文学事业的发展。
长期以来，琼毛寺部分信教群众因家庭生活困难，子女上学困难等问题一直得不到解决，另外还有部分孤儿、残疾孩子上学更是困难重重。此情此景，琼毛活佛看在眼里，急在心中，为了积极支持社会公益事业，发扬宗教“慈悲为怀，积善积德”的教旨，帮助政府支持教育事业，琼毛活佛经多方奔走，出资在琼毛寺创办了一所慈善性质的寄宿制学校。目前，学校有在校学生122名，大部分为孤儿、残疾儿童以及贫困家庭的孩子。学校目前开设小学课程，设有藏语文、藏医学、汉语文、数学、计算机、英语、中国历史和地理、本教大小五明等。在校学生全部免收食宿费、学杂费、课本费等一切费用。现有教职员工15人。学校年开支约42万元。
目前，琼毛活佛正在计划投资300万元扩建琼毛慈善学校，完善学校的基础设施，招收因家庭经济困难而难以入学的儿童、残疾儿童、孤儿，为家乡的教育事业贡献自己的全部力量。
寺院传承：
坐落在青海省贵德县河西镇当车沟里的琼毛寺是一座规模不大的本教寺院。关于这座寺院的创建及其历史，唯一的文献是该寺高僧瓦塞尔·贡桑坚赞的传记记载。
在14世纪，一位来自那曲索德（今那曲地区索县）地区的本教上师索尊·益西坚赞求学于后藏的也茹温萨卡寺。也茹为右翼，即卫藏地区四茹之一。温萨卡是后藏今南木林县乌佑地区的一个地名。珠·南喀雍仲于1012年创建了温萨卡寺，成为当时的一个主要本教中心，该寺1386年毁于洪水。
他的上师塔哲·索南坚赞预言他的事业将在安多地区的一个叫做央隆绕松地方。他根据上师的预言来到了安多地区的赤卡，即今贵德。在当车地区创建了琼毛寺，与他一起来传教的还有他的兄弟南喀嘉。自从他创建了本教寺院以后,当车地区除了原有的本教密宗修行士及其社团本芒本芒是本教密士的民间组织，作为古老的文化传承，如今只有青海省的热贡、贵德、共和、化隆、同德等地仍有活动。他们有固定的活动地点赛康，分级组织，固定的法会和上师。除此以外，其他地方的本教密宗士人数少，没有固定的组织和法会，都分散活动。以外，增加了一座寺院。因此这位创建者也被称为琼毛喇嘛。
与其他本教喇嘛不同的是，这个上师的传承经历了三个不同的阶段：即世袭喇嘛阶段、夺舍（神识迁移）喇嘛阶段和转世喇嘛阶段。据传索尊·叶西坚赞以后很长一段时间是以世袭传承的方式延续法脉的。很多代以后，这个世袭喇嘛变成为夺舍的传承方式。也就是说，一位喇嘛圆寂以后，他的灵魂会进入一位年轻人的体内，借别人躯体成为下一世喇嘛，人们不用费力去寻找，当这个人灵魂附体以后会自动找到琼毛寺来宣称他是下一世喇嘛。然后寺院会根据寺规，通过一系列严格的考试程序来辨别他的真伪，如果考核通过就可以正式认定并坐床，成为这个寺院的主持喇嘛。在一个很短的时间段里，就可以完成一个被怀疑其真伪的陌生人突然变成整座寺院的主人的全部过程。
这个阶段中的最后一世喇嘛是琼毛·珠巴塔尔欣,他是一位来自西宁地区的刘姓汉族,因为他来时不会讲藏语,人们不相信他是琼毛喇嘛,几度被驱逐.最后在他极力坚持下,寺院为他组织了一次考试,结果出乎所有人的意料之外,他奇迹般地通过了所有的考试,成为琼毛寺的活佛,至今传为佳话。在他之后,由于受到活佛转世制度的影响,琼毛喇嘛也开始以转世的方式继承其法脉。
郎依寺的嘉沃·丹巴饶杰在青海湖地区拥有众多的施主，享有崇高的威望，并与琼毛寺的琼毛·珠巴塔尔欣有很深的私交。因此,嘉沃·丹巴饶杰在后者的执意要求下，发誓转世为琼毛喇嘛的灵童。当嘉沃·丹增旺嘉出生后不久，被认定为琼毛·珠巴塔尔欣的转世灵童，从此，琼毛喇嘛结束了借体还魂的传承阶段，进入了转世灵童的传承阶段。但是,由于种种原因,嘉沃·丹增旺嘉不得不在郎依寺继承嘉沃仓喇嘛的法脉，未能来琼毛寺坐床。但他一直受到琼毛寺及其信徒的信仰和尊崇,被称为嘉沃琼毛。因此，琼毛寺又找了另一个转世灵童即琼毛·多丹旺秀来主持寺院。
活佛传统：
除了琼毛活佛以外,瓦塞尔活佛和卡尔纳活佛是琼毛寺的另两位活佛系统，两个活佛系统均为该寺的建设和发展作出了不可磨灭的贡献。与作海寺的伽尔瓦·雍仲坚赞同时的泽秀·阿拉西绕在作海寺与琼毛寺之间建立了密切联系。
根据瓦塞尔·贡桑坚赞瓦塞尔·贡桑坚赞 (1837—1904)是琼毛寺三大活佛系统之一的瓦塞尔活佛,另一个名字是南喀旺秀，他云游卫藏等藏区各大本教寺院去修习本教，成为琼毛寺历史上最著名的学者。他未完成的自传如今成为青海湖周边本教寺院及其历史的最重要的历史文献，书名为《辛之僧人赤嘎贡桑丹贝坚赞传记》，以手抄本传世。他不仅得到当地信众的高度拥戴,而且破天荒在琼毛寺建立了他的佛邸，修建了以一座三层大经堂为主的建筑群，成为当时当车地区的一景。琼毛寺的全名雍仲彭措林也从此产生。
在他的晚年，他委派他的弟子阿库嘉瓦到后藏曼日寺，终于请回了他的侄子泽秀·西饶南杰，因为后者不仅在卫藏地区本教徒中享有崇高的威望，而且得到当时第六世班禅·巴丹叶西的赏识，所以回来后根据班禅大师赐予的文书，不仅继承了叔叔的法统，而且至少在名义上成为青海地区所有的本教寺院的精神导师。因为他叔叔苦心经营琼毛寺的原因，泽秀·西绕南杰对其尤其关照，他举行仪式迎请加沃协查布坚,供奉其为该寺的护法神,规范仪式,完善寺规,为琼毛寺贡献颇大。
