卫藏，也就是西藏中部的本教寺庙，这个地区现在分布有上百座本教寺庙。
1. 江达县
夏息寺、根回寺、达息寺、色息寺、崩格寺、拉尺寺、罔苍寺、卓栋日措寺
以上八个寺庙已有僧众千余人，其中活佛和上师多位。
2. 昌都地区
洛蒙绒寺：有僧众百余人。
查格寺：洛隆县境内，有僧众数百余人，嘉绒雍仲活佛主持。该寺庙中常年有专修大圆满的闭关禅定者 20 人。
拉康寺、崩德寺、央塘寺、甲洼寺、布德寺、邛甘寺六座寺庙，共有僧众千余人，其中活佛数十人。
3. 丁青县
孜珠寺：（点击查看）： 雍仲本教最古老、最重要的寺庙之一。
日则珠智麦朗达岭寺： 此寺下管辖 14 座分寺，共有僧众几百人，次村尧杰活佛主持，另有，特曲俄热和雍中巴线两位活佛。
琼波丁青寺： 四五百人，西绕格勒活佛主持；法台为措尼降措洛布。
果贡寺： 此寺庙现有僧众百余人，活佛扎拉主持，上师三位。
呷勒寺： 此寺庙现有僧众百余人，其中泽旺道吉活佛主持，另有达瓦扎巴、益西江参饶江巴两位堪布
雍仲巴尔底寺： 此寺庙现有僧众百余人，西饶洛珞活佛主持，另有一位法台。
那如嗓登寺： 此寺现有僧众几十人，索朗甲绒上师主持。
色察夏热寺： 此寺现有僧众几十人，夏热上师主持。
噶日措寺： 此寺现有僧人几十人，其中大喇嘛 1 人，名为朗卡汪登。
此县还另有巴达西苍寺等近二十座较小的寺庙，僧众总数超过一千人。
4. 那曲地区
鲁楚寺： 此寺庙现有僧众上百人，雍中甲洼和刀甲布两位上师主持，教学堪布为根巴宁布和绕修尼玛二位。
桑德寺： 此寺庙现在僧众上百人，丹必尼玛活佛主持，羊巴·泽旺更波为法台。
巴仓寺：（点击查看） 巴家族的主寺。
这个地区还有几十座较小寺庙，僧众千余人。
5. 日喀则地区
章门日寺： 此寺庙现有僧众百余人，呷绒尼玛和雍中两位堪布教学。
热拉雍仲林寺：（点击查看） 此寺庙现有僧众上百人，西绕登真和根巴洛珠堪布主持。
辛西寺（点击查看）： 此寺庙现在僧众百余人，辛氏家族的主要寺庙。
辛日嘉寺：此寺庙现有僧众 40 余人。
日西寺：此寺庙现有僧众 50 余人。
基卡尔寺： 此寺庙现有僧众 60 余人。
卓姆白玛寺：此寺庙现有僧众 50 余人。
6. 林芝地区
古秀寺：（点击查看） 此寺院为敦巴辛饶弥沃初转法轮之地，种有世界第一柏的佛陀等身树。
色迦棍钦寺：（点击查看）：林芝县境内，本日神山的半山腰，意为大神鹰寺
工布斯甲寺： 此寺庙现有僧众 50 余人，敦若尔加活佛；克珠尼玛为上师。
达则寺：（点击查看）此寺庙现有僧众 30 余人，其中有上师两位。
武曾桑洼雍卓寺： 此寺庙现有僧众 40 余人，多登拉德主持，大圆满闭关者几十人。
工布达哲隐居地： 此修行处现有大圆满大成就者南喀降泽，并带有多名弟子专修禅定者。
7. 左贡县
萨拉寺： 雍仲旺登和雍中朗达两位活佛主持。
拉达寺、勒鄂寺、日南寺、古底寺、当恰寺、绕格寺、普拉寺、扎朋曲迥寺、达称寺、郭热寺、尺龙寺、多达寺、布龙寺
以上 13 座寺庙，现有僧众数百人。
