很多人认为辛饶弥沃传来的象雄本波佛教和释迦牟尼传来的印度班迪佛教之间有很大的矛盾，而且很多书里写佛本争斗时期佛教打败本波教与本波教徒们灭佛教等跟历史远远相反说法。

实际上辛饶弥沃传来的本波教和释迦牟尼传来的班迪教之间没有什么大的矛盾。而且教义、教规、结论、戒律、修行方法等很多地方相同，有些地方两位佛也有不同的看法与理解，比如说，印度佛教的大乘和小乘之间的教义、教规、戒律等不相同，所以，不能说某位导师传来的教不是佛教。

但本波教和宁玛教派之间有些矛盾，这些矛盾并不是本波教和宁玛教派之间教义与教规的区别以及冲突。简单的介绍两个教派之间产生矛盾的重要关键。

    聂赤赞普未出现之前，就有雍仲本波佛教的见、行、修及显密和大圆满，它最初是在阿里地区的南部，古代称象雄的地方发展起来的。吐蕃当时没有王法，靠本波佛教诫统治，那时的国王都有本波佛教古辛（护国法师）。  

    后来吐蕃第二王木赤赞普邀请了象雄大学者一百零八位，在西藏兴建了本波佛教庙宇三十七座，宣传本教的教义与十善五戒，皈依三宝，那个时候雪域藏区被称为本波佛教之境，王国是本教的地方。国王是伟大的，僧侣是高贵的，法律是严格的，臣民是欢乐的等等。吐蕃聂赤赞普至南日松赞的三十二代赞普执政时期，独奉雍仲本波佛教，古称为政教兴盛的时期。

    吐蕃赞普松赞贡布时代印度佛教传入西藏至赤松德赞之间象雄本波教和印度传来的佛教与班迪教之间根本没有矛盾及冲突。在赤松德赞王位时迎请了细哇措、莲花生大师等诸多堪布来到藏区翻译印度梵语经文，大力宏扬班迪佛教，然后开始创造宁玛巴。竭力排挤本波教，有些本波密教经改译宁玛巴密教，使本波佛教丧失了藏区的主导地位，一度出现衰微。

本波佛教衰微的原因是众生行为低下福分锐减而亡以及赤松德赞前半生信奉本波佛教，中前期兴宁玛教后又废，中后期信奉两教。藏王奉宁玛巴教，民众大部分崇尚本波教。

本教被灭时，国王让宁玛教徒和本波教徒比法力，本教有起死回生术、亡灵都尔术、辩论和斗法。本教历史中说，宁玛教徒未能取胜本教徒；宁玛教的历史中说，本教徒未能取胜宁玛教徒。但那时吐蕃民众都乐于灭宁玛教兴本教，国王也想宁玛教和本波佛教并存，但因宁玛教徒和国王曾经盟誓废本教兴宁玛教。

本教豁达，宁玛教徒喜好嫉妒，国王轻信谗言，宁玛教徒善于狡辩，大臣们爱进谗言，民众又喜新厌旧。宁玛教徒和大臣们谗言相告，国王的愿望未能实现。特别是印度乞丐热纳斯德和大臣赛哇让三人的流言蜚语，在这三大火堆之上加上三人的流言蜚语，如同火上浇油，加害本教成了迟早的事了。

当时国王与本辛（本教大师与国师）地位相等，宁玛教徒惟恐政权落在本教手中，就劝国王现在就应该废除本波佛教，还说本波佛教正在施法加害国王。因是国王缺少主见，大臣和妃子喜进谗言，民众喜新厌旧，本教徒胸怀宽宏（所以导致了本教的衰微）。国王听后，觉得言之有理，开始进行灭本教的活动。

国王随即聚集众多本教师说，请你们听着：我有无尚权利，你们本波具有神通广大的法力，此弹丸之地不能容我的政权和你们本教的法权同时存在。“你们本波教徒占领了我的国度，你们要皈依班迪教，否则要被放逐到吐蕃四翼之外，请你们选择。”

占巴南卡大师说：“雍仲本教原本是政体与人类的源泉，也是先祖的遗愿。如果不误国政，不减国王福寿，我占巴南卡可以皈依班迪佛教”，说完削发为僧，皈依了班迪佛门。国王与大臣们商议灭本波佛教时，占巴南卡等本波教徒未卜先知，有成就大自在飞天而去，有些去荒山雪岭之中，有些被迫皈依班迪佛教。

那些虽然身在班迪之营，心中依然信奉本教，只是嘴上念班迪教经。赤松德赞和班迪佛教诸多堪布口中讲十善五戒。但行为上许多本波教徒被迫投入雅鲁藏布河，有些活活的烧死、埋死、砍掉脑袋、剥削他们的皮、解剖他们的胸部等，修道未成的本教徒均命丧九泉。从此本波教徒和宁玛教徒之间产生矛盾与冲突。

    特别是当时宁玛教徒将一些本教经藏、律藏六续、对法四部、一部分都尔本、一部分本波教密咒均改译成班迪佛教的书籍，拆除了一些本波佛教庙宇及宝塔，并将有些经过粉饰改为班迪佛教殿堂，有些被改换门庭，将顺序拉乱后更改其名，当时宁玛教徒本教经改译成宁玛教的书籍中也有类似的记载如《五部遗教》记载道。

本教《心部大经论》，    译成（班教）《译受记》；
本教经典《八大界》，    译成（班教）《八百千》；
本教《太虚雍仲经》，    译成（班教）《正法裸见论》； 
本教《菩提隐心》者，    译成（班教）《心部集》；
本教《三界宣诵》者，    译成（班教）《上下俱舍论》；
本部《密宗二万颂》，    译成（班教）《广大菩提安》。

  此外，印度尊者阿底峡到桑鸢寺掘藏，萨迦大师荣顿讲，在印度与藏区两地均有本波教的经典改变成班迪佛教的记载。其它书籍中也有记载，例如：荣顿大师著的《本波和班迪教派区别明镜》道：“藏地的本波教翻译班迪教，把印度的本波佛教带到西藏后称为班迪佛教；莲花生把本波大圆满翻译班迪大圆满；里?兰卡尼布和莲花生大师两人把本波密宗教译成班迪密宗，把本波教《雍仲续母药典》译成班迪《八择经》，把本波教的《叶赤达色》译成班迪《大圆满口诀》，本波教的《金刚橛》译成班迪《血林金刚橛》等”。

    班迪教与宁玛教派的历史中有本教历史所说相反的说法，在宁玛教派的历史中记载，从前，为了法王赤松德赞龙体安康，举行福寿法事，本波教徒们进行血肉供养时，邬金第二佛、大智者无垢友（布玛莫扎）及大堪布菩提萨埵等大译师们看到本波教的彩盘，十分不悦，便说：“一教不应有二师，一法不应有二规，本波教旨不合法，并非共同寻常罪，若尔我等返故里。”所有的班智达不约而同，国王请他们讲法他们也不传讲，宴请他们也不受用。 班智达不喜欢杀生血肉供养神与鬼的活动所以竭力排挤本波教邪行活动。
   
    此外，宁玛教徒和本波教徒每天争论自己教派的特殊，国王知道后让宁玛教徒和本波教徒比法力，本教徒未能取胜宁玛教徒。国王信宁玛教，国王就下令本教徒必须要皈依印度佛教，不皈依印度佛教的本波教徒流放边疆。堪布细哇措、莲花生大师等诸多宁玛教的大师灭藏地邪教本波教。那时本波教徒们把印度佛教的经文翻译成本波教，吐蕃国王赤松德赞知道情况后，绝杀这些本教徒和激烈反抗印度佛教的本教大臣们等等。

    此外本教大师辛青鲁噶把印度佛教的《十万般若蜜多》翻译成为本教《八择般若蜜多》等，另外嘉围雄曲等本教徒印度佛教翻译成为本教，这些是白本波教，本教徒称为“果乘，”白本波教大量的吸收了印度佛教的意义等这些说法在宁玛教派历史书中记载。

    最关键是本波教认为莲花生是占巴南卡大士的亲生儿子，莲花生把本教密宗大量的翻译成宁玛教派后，原本烧毁，反而作对本教，但本教徒把宁玛教派当成本教的外甥。宁玛教派认为莲花生不是占巴南卡的儿子，他是莲花生中出生，印度密宗大量的翻译成藏语，创造宁玛教派密宗，铲除本波。所以本教徒和宁玛教派之间的矛盾并不是教义的冲突，历史的记载也不一样。